UAJY menyelenggarakan berbagai program BEASISWA dengan kriteria dan manfaat yang berbeda-beda. Seleksi seluruh program beasiswa akan dilakukan dalam dua tahap, yang pertama seleksi administrasi dan seleksi wawancara.

Program Beasiswa yang diselenggarakan meliputi :

• • PSSB
    Program Seleksi Siswa Berprestasi (PSSB) ini untuk calon mahasiswa dengan prestasi akademik yang tinggi dengan kemampuan ekonomi yang kurang. Beasiswa berupa bebas Sumbangan Pengembangan Universitas (SPU), SPP Tetap dan SPP Variabel selama 4 tahun (8 semester) berturut-turut dengan ketentuan yang telah ditetapkan oleh pihak UAJY. Hanya membayar  uang buku/ courseware, uang kemahasiswaan, dan biaya lainnya yang tidak termasuk dalam beasiswa ini.
  • BPI Batch 1
    Program Beasiswa Program Internasional (BPI) ini khusus untuk program studi program internasional dan untuk calon mahasiswa dengan prestasi akademik yang tinggi, beasiswa berupa bebas Sumbangan Pengembangan Universitas (SPU) dan bebas SPP Tetap selama 4 tahun (8 semester) berturut-turut dengan ketentuan yang telah ditetapkan oleh pihak UAJY. Hanya membayar SPP Variabel, uang buku/ courseware, uang kemahasiswaan, dan biaya lainnya yang tidak termasuk dalam beasiswa ini.
  • BPI Batch 2
    Program Beasiswa Program Internasional (BPI) ini khusus untuk program studi program internasional dan untuk calon mahasiswa dengan prestasi akademik yang tinggi, beasiswa berupa potongan 50% Sumbangan Pengembangan Universitas (SPU) dan 50% SPP Tetap selama 4 tahun (8 semester) berturut-turut dengan ketentuan yang telah ditetapkan oleh pihak UAJY. Hanya membayar SPP Variabel, uang buku/ courseware, uang kemahasiswaan, dan biaya lainnya yang tidak termasuk dalam beasiswa ini.
  • BPA
    Program Beasiswa Prestasi Akademik (BPA) ini untuk calon mahasiswa dengan prestasi akademik yang tinggi tanpa melihat kemampuan ekonomi yang akan memberikan beasiswa berupa Potongan 50% Sumbangan Pengembangan Universitas (SPU) dan 50% SPP Tetap selama 4 tahun (8 semester) berturut-turut dengan ketentuan yang telah ditetapkan oleh pihak UAJY. 
  • Beasiswa Mudika Unggul
    Program ini untuk calon mahasiswa dengan prestasi akademik yang tinggi dengan kemampuan ekonomi yang kurang serta beragama Katolik memberikan beasiswa berupa bebas Sumbangan Pengembangan Universitas (SPU), uang buku/ courseware (tidak termasuk IPad), uang kemahasiswaan, SPP Variabel dan SPP Tetap selama 4 tahun (8 semester) berturut-turut dengan ketentuan yang telah ditetapkan oleh pihak UAJY serta memperoleh subsidi biaya hidup. 
  • Beasiswa Prestasi Seni dan Olah Raga, Beasiswa Atlit Nasional
    Program Beasiswa Prestasi Seni dan Olah Raga - kategori Seni dan Olah Raga yang menunjang UKM di UAJY. Program Beasiswa Prestasi Seni dan Olah Raga ini untuk calon mahasiswa dengan prestasi non akademik yang tinggi tanpa melihat kemampuan ekonomi yang akan memberikan beasiswa berupa Subsidi Sumbangan Pengembangan Universitas (SPU) dan atau Subsidi SPP dengan ketentuan yang telah ditetapkan oleh pihak UAJY.
  • Beasiswa UAJY Peduli
    Program ini diberikan bagi para siswa penyandang disabilitas yang mempunyai minat tinggi untuk melanjutkkan studi pada program Sarjana yang memenuhi ketentuan yang telah ditetapkan UAJY. Calon mahasiswa akan diberikan beasiswa berupa bebas Sumbangan Pengembangan Universitas (SPU), SPP Tetap dan SPP Variabel selama 4 tahun (8 semester) berturut-turut dengan ketentuan yang telah ditetapkan oleh pihak UAJY. Hanya membayar  uang buku/ courseware, uang kemahasiswaan, dan biaya lainnya yang tidak termasuk dalam beasiswa ini.
  • KIP Kuliah
    Pemerintah melalui Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi (Ditjen Dikti), Kementerian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi RI menyediakan program bantuan biaya pendidikan KIP Kuliah untuk lulusan SMA dan sederajat yang memiliki potensi akademik baik dan tidak mampu secara ekonomi untuk belajar di PTN dan PTS yang ditunjuk untuk mengelola program beasiswa KIP Kuliah tersebut. UAJY adalah salah satu PTS yang ditunjuk dan dipercaya untuk mengelola program KIP Kuliah
  • Beasiswa Kerjasama dengan Pemerintah Daerah dan Gereja*
    UAJY berkomitmen untuk memberikan kesempatan kepada calon mahasiswa dengan menggunakan jalur seleksi kerjasama daerah dan keuskupan dari daerah prioritas, program tersebut antara lain APTIK Peduli Mentawai (APM) dan Beasiswa Ketapang.
  • Beasiswa Kerjasama dengan Instansi Swasta
    UAJY bekerjasama dengan pihak swasta untuk menyelenggarakan beasiswa dengan prioritas calon dari daerah yang tertinggal. Saat ini UAJY sudah mempunyai Kerjasama dengan Medcom berupa program Beasiswa OSC

Disamping program beasiswa melalui Program PMB UAJY juga ada berbagai beasiswa lain yg bisa diikuti calon mahasiswa antara lain Beasiswa Pendidikan Indonesia, Beasiswa Unggulan, dan berbagai program lainnya.

Keterangan :
*Info dan prosedur pendaftaran Beasiswa APM dikelola oleh APTIK.
*Info dan prosedur pendaftaran Beasiswa Ketapang dikelola oleh Keuskupan Ketapang.

UAJY juga menyelenggarakan program seleksi tanpa tes dan seleksi dilakukan berdasar dokumen yang dimiliki calon mahasiswa selama menempuh pendidikan menengah.

Adapun jalur seleksi program tersebut meliputi : 

• • Program Unggulan
    Program Unggulan merupakan program penerimaan mahasiswa baru yang seleksi penerimaannya didasarkan nilai rapor kelas X-XI yang diraih oleh calon mahasiswa ketika masih duduk di bangku SMA atau SMK. Calon mahasiswa yang diterima melalui program ini akan mendapat subsidi Sumbangan Pengembangan Universitas (SPU)
  • Program Nilai Ijazah
    Program Nilai Ijazah merupakan program penerimaan mahasiswa baru dengan seleksi berdasarkan nilai Ijazah SMA/SMK
  • Program Rapor
    Program Rapor merupakan program penerimaan mahasiswa baru yang seleksi penerimaannya didasarkan nilai rapor pada kelas/semester tertentu yang diraih oleh calon mahasiswa ketika masih duduk di bangku SMA atau SMK
  • Program UTBK
    Program UTBK merupakan program penerimaan mahasiswa baru dengan seleksi berdasarkan nilai UTBK-SNBT

Program ini merupakan program penerimaan mahasiswa baru dengan seleksi berdasarkan nilai tes berbasis komputer yang diselenggarakan UAJY

Program dengan seleksi ini yaitu : 

• • Program CBT Online
    Program CBT online merupakan program penerimaan mahasiswa baru dengan seleksi ujian online. Materi ujian meliputi tes kemampuan belajar (kemampuan verbal, kemampuan penalaran, kemampuan kuantitatif) dan bahasa Inggris. Jadwal pelaksanaan tes dapat dipilih secara mandiri pada hari Senin-Jumat dan jadwal ujian akan dibuka secara bertahap setiap minggunya
  • Program CBT On Campus
    Program CBT on campus merupakan program penerimaan mahasiswa baru dengan seleksi CBT dilakukan di UAJY mengikuti jadwal yang telah ditetapkan.